ГЕКСАН может быть использован для экстракции веществ из пробы, в качестве подвижной фазы при хроматографических разделениях как в тонком слое (ТСХ), так и на высокоэффективных колонках (ВЭЖХ), в качестве растворителя для флуометрических и УФ-спектроскопических (УФС) анализов на нефтепродукты, полициклические ароматические углеводороды, афлатоксины; в анализах на пестициды или галогенпроизводные с газохроматографическим окончанием ГХ, в т.ч. с электрон-захватным детектором (ГХ с ДЭЗ).